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Departamento Financiero, con:
- División de Tesorería
- División de Contabilidad y Ejecución Presupuestaria
Dirección de Sanidad Animal, con:
Departamento de Campaña Sanitaria, con:
- División Enfermedades de Aves
- División de Enfermedades de Rumiantes
- División de Tránsito Interno
- División de Vigilancia Epidemiológica
- División de Acreditación y Educación Sanitaria
- División de Enfermedades Apícola y Cunícula
- División Enfermedades Porcícolas
Departamento de Cuarentena Animal, con:
- División de Registro de Productos y Establecimientos Veterinarios
- División de Normas y Análisis de Riesgos
- División Estación Cuarentena Animal Aeropuerto Internacional Dr. José Francisco Peña Gómez
Dirección de Extensión y Fomento Pecuario, con:
Departamento de Extensión Pecuaria, con:
- División de Reproducción Animal
- División de Pastos y Forrajes
- División de Ganado de Leche
- División de Ganado de Doble Propósito
Departamento de Fomento Pecuario, con:
- División de Especies Cárnicas
- División Apícola
- División Avícola
- División Porcina
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Norte
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Norcentral
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Central
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Nordeste
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Distrito Nacional
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Sur
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Suroeste
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Este
- Sub-Dirección Regional Pecuaria Noroeste
- Laboratorio Veterinario Central
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